본 발명은 네비게이션 시스템 및 그 구동방법에 관한 것으로, 네비게이션 시스템에서 제공하는 일반 추천 경로를 이탈하여 운행하는 경우, 실제 사용자가 운행한 경로를 사용자 경로로 포함시키고 이 후에 동일한 목적지에 대한 경로 검색시 사용자 경로를 우선적으로 출력하는 개인 맞춤형 추천 경로를 제공하는 네비게이션 시스템 및 그 구동방법에 의해 운전자가 네비게이션 시스템에서 경로 이탈에 따른 경로 재설정 시간을 줄일 수 있으며 불필요한 동작을 최소화할 수 있다.