외부 미세먼지 및 세균의 실내 유입 방지를 위한 공동현관 소독 시스템 및 그 구동방법에 관한 것으로, 외부로부터 유입되는 공기를 정화시키는 유입 필터, 상기 유입 필터를 통해 정화된 공기를 살균 하우징 내부로 진입한 사용자를 향해 분사시키는 다수의 에어(air) 분사 노즐, 및 내부의 공기를 정화시켜 외부로 배출시키는 배기 필터를 포함하는 살균 하우징 및 상기 살균 하우징 내부의 바닥면에 구비되며 모터 회전에 의해 상면에 노출된 일부가 상기 살균 하우징 내부로 진입한 사용자의 이동 방향과 동일 혹은 반대 방향으로 이동하면서 상기 내부 진입한 사용자의 신발 바닥과 접촉하는 무빙 벨트, 상기 무빙 벨트의 이동에 따라 하면으로 진입하는 무빙 벨트 일부 면에 마찰 또는 진동을 가하고 흡착 또는 흡입 방식으로 상기 무빙 벨트의 이물질을 제거하는 이물질 제거부, 상기 무빙 벨트의 이물질이 제거된 적어도 일부 면에 살균 소독제를 도포하는 소독제 도포부를 포함하는 바닥 세척 장치를 포함하여 미세먼지나 초미세먼지 증가로 인한 대기오염 물질이나 매연, 세균, 냄새, 바이러스와 같은 기타 해로운 물질들이 가정 내 혹은 사무실 내와 같은 실내 공간을 오염시키는 것을 최소화할 수 있다.